Cobá bylo osídleno dříve než Chichen Itzá ři Tulum kolem r. 100 př.n.l. – 100 n.l. Dokazují to drobné úlomky keramiky. Cobá v minulosti udržovalo vztahy s velkými městskými státy jako Tikal, s nimiž uzavřelo i vojenské spojenectví. Po roce 600 n.l. Cobá ztrácelo svou pozici, ale stále zůstávalo významným náboženským centrem. Odhaduje se, že původní plocha byla 50 – 80 km² a za dob největšího rozmachu zde žilo 40 – 50 tisíc obyvatel.
Významnými stavbami jsou: Templo de las Iglesias, hřiště juego de pelota, Grupo Macanxoc či Nohoch Mul.