Je to předkolumbovské náboženské místo postavené lidmi Chane. Nachází se zde ruiny města Inků postaveného nedaleko chrámu. Inkové i Chanes utrpěli několik napadení válečníky Guarani, kteří nakonec dobyli roviny a údolí Santa Cruz a zničili Samaipata. Tím ovládli region až do španělského koloniálního období. Španělé také vystavěli osadu v blízkosti chrámu - dodnes jsou dochovány zbytky staveb typické arabsko-andaluské architektury. Španělé se následně přestěhovali do údolí, kde se nyní nachází město Samaipata.