V parku je 11 typů nejrůznějších ekostystémů - deštný prales, mangrovové lesy, pláže, laguny, bažiny, atd. Je domovem asi 400 druhů ptáků, 30 druhů sladkovodních ryb, 60 druhů žab, 3 druhů opic a kapustňáků. Na březích řek jsou k vidění kajmani, krokodýli a želvy. Nachází se v tropickém podnebí, tudíž je zde vysoká vlhkost.
NP Tortuguero je nejdůležitějším místem pro kladení vajec a líhnutí několika druhů karet v Karibiku. Na dvoukilometrovém okruhu EL Gavilan jsou k vidění papoušci a opice.