V údolí Abra, které se nachází mezi Zipaquirá a Tocancipa, byly nalezeny jedny z nejstarších lidských ostatků v Kolumbii. Zipaquirá je jezdím z nejstarších měst v Kolumbii. Počátky města se datují do doby španělského dobytí. Existují dva možné původy názvu města. Jeden převzatý od domorodých lidí „Chicaquicha“ – „naše velká zeď“ nebo „město našeho otce“. Další možnost je odvození od „zipa“ – titul guvernéra obce, za jménem„Quira“, a tedy „Zipa-Quirá“. V roce 1600 Don Luis Henríquez založil osadu a vesnici označil jako „Zipaquirá“. V roce 1852 Zipaquirá změnila postavení a stala se autonomní oblastí Zipaquirá.
Důležitým odvětvím je zemědělství – zejména chov mléčného skotu. Zdejší průmysl je spojen s výrobou, zpracováním a rafinací soli.