Původními obyvateli města byli Quibaya – komunita zlatých řemeslníků. První osídlení v oblasti bylo založeno v roce 1540 Španěly. Asi v roce 1691 byla osada přesunuta na místo dnešní Pereiry. Po roce 1920 do Pereiry přicházeli osadníci kvůli její ekonomicky strategické poloze a úrodné půdě. Pěstovala se zde káva, cukrová třtina a choval se zde dobytek. V dnešní době Pereira hostí nadnárodní korporace jako je Nestlé, Coats a AVESCO. V budoucnu se zde možná bude produkovat etanol. Město je také centrem dopravní logistiky (FedEx, DHL, …). V dnešní době je Pereira městem s nejvyšší mírou nezaměstnanosti v Kolumbii.
Turisty láká především jezero Otún a Santa Isabel. V minulosti bylo město ovlivněno obchodem s drogami.